Początki

1278 - rozpoczęcie budowy
1280 - przeniesienie siedziby Konwentu z Santyru do Malborka

Budową rozpoczęto od wytyczenia i wzniesienia muru obwodowego zamku konwentualnego, zaprojektowanego jako prostokąt o wymiarach około 52 na 61 metrów. W narożach umieszczono charakterystyczne dla zamków krzyżackich wieżyczki, które, wzniesione w końcowej fazie budowy powyżej ganków obronnych, akcentowały ozdobne szczyty poszczególnych skrzydeł zamku. Dodatkowo stanowiły element obronny, umożliwiając ostrzał z czterech stron. 

Inaczej, niż w innych zamkach wzniesionych przez Zakon, został umieszczony wjazd. Poprowadzono go z ówczesnego Przedzamcza (obecnie Zamek Średni) poprzez naroże północno-zachodnie. Taka rozwiązanie narzucały warunki topograficzne (wysoki grzbiet półwyspu z łagodnym długim stokiem stanowił wręcz wymarzone usytuowanie drogi wjazdowej. Do murów obwodowych zamku konwentualnego od wewnątrz dostawiono budynki mieszczące kaplicę, kapitularz i dormitoria. W 1280 roku przeniesiono z pobliskiego Santyru do Malborka konwent. Pierwsi bracia zamieszkali w najwcześniej zbudowanym skrzydle północnym. Następnie wzniesiono skrzydło zachodnie, w którym znalazł się refektarz i izba komtura. Zamek - klasztor został pod koniec XII w. otoczony murem obronnym. W ten sposób utworzono przestronne międzymurza, służące do spacerów oraz jako tereny pod magazyny (m. inn. skład dział) oraz cmentarz braci zakonnych. W tym samym czasie zbudowano wieżę zwaną Gdaniskiem (istnieje do dziś), połączoną z zamkiem długim (64m.) krytym gankiem. Przeznaczono ją jako miejsce ostatecznej obrony. W wieży tej umieszczono także latrynę, podstawowym jej zadaniem było jednak

kontrolowanie szlaku prowadzącego przez mosty, Baszty Mostowe (zachowane do dziś) oraz Bramę Szewską do miasta. Podobną, nieco mniejszą, wieżę zwaną Kleszą, umieszczono po przeciwległej stronie, w północno-wschodnim fragmencie muru obronnego. Obie wieże stanowiły dodatkowy element fortyfikacji, flankując warowny klasztor. Aktualność tej roli przetrwała do XX w, gdy broniące się w zamku oddziały niemieckie zniszczyły z Gdaniska kilka czołgów radzieckich, próbujących od strony miasta wjechać na zamek. Wieża Klesza natomiast straciła swój obronny charakter po rozbudowie kościoła zamkowego.