XIV wiek

1309 - przedbudowa Zamku
14 września 1309 - przeniesienie stolicy Zakonu do Malborka
1330-1334 - budowa kościoła NMP, rozbudowa

Po roku 1309 zamek został gruntownie przebudowany i wiele pomieszczeń zmieniło pierwotne funkcje. Potęga Zakonu stale wzrastała, wraz z kolejnymi sukcesami militarnymi na Pomorzu. Zapadła decyzja przeniesienia na stałe siedziby Wielkiego mistrza z Wenecji do Malborka. Wiązała się z tym konieczność rozbudowy Zamku, który miał stać się stolicą państwa zakonnego. Dotychczasowy zamek konwentualny stał się głównym domem Zakonu Krzyżackiego. Zaczęto budowę kolejnych skrzydeł zamku. Pierwsze powstało skrzydło południowe, następnie wschodnie. Ze względu na stale zwiększającą się liczbę zakonników, w nowo wybudowanych skrzydłach umiejscowiono dormitoria, refektarz i świetlicę. Wyższe kondygnacje przeznaczono na magazyny i spichlerze. Wzmocniono też mury umieszczając na ich koronach dodatkowe ganki obronne, które wraz z wieżą główną i narożnymi wieżyczkami stanowiła połączony system fortyfikacji. Na parterze i piwnicach umieszczono pomieszczenia gospodarcze. Znajdowały się w nich składy żywności, kuchnia konwentu, browar i inne pomieszczenia gospodarcze.

Zasadniczych modyfikacji dokonano w latach 1330-1334. Zmianie uległa cała sylwetka zamku oraz wewnętrzny podział pomieszczeń klasztoru. Rozbudowano skrzydło północne, w którym do tej pory mieściła się kaplica. Utworzono na jej miejscu dwukondygnacyjny obiekt sakralny, z jednohalowym kościołem pod wezwaniem NMP (obecnie w fazie odbudowy po zniszczeniach wojennych), a na piętrze i na parterze pod prezbiterium zlokalizowano kaplicę św. Anny.

W średniowieczu służyła ona jako miejsce ostatniego spoczynku wielkich mistrzów Zakonu. W tym samym czasie przebudowano i powiększono wieżę dzwonną. Stanowiła ona dodatkowy element umocnień, pełniąc funkcję wartowniczą i sygnalizacyjną. Stosując system znaków dymno-ogniowych przekazywano w szybki sposób wiadomości pomiędzy pobliskimi zamkami (Tczewem, Gdańskiem, Elblągiem, Dzierzgoniem) a także letnią rezydencją Wielkich mistrzów w Sztumie. 

Pozornie surowa bryła zamku-klasztoru została ozdobiona dekoracyjnymi wieżyczkami, gankami obronnymi, ozdobnymi fryzami i maswerkami przede wszystkim portalami o tematyce religijnej. Dzięki temu potężne mury sprawiały optyczne wrażenie lekkości. 

Wydzieloną częścią, pozostającą jednak elementem składowym zamku konwentualnego, był kościół. Stanowił wspaniały przykład połączenia ideologii religijnej ze śmiałymi rozwiązaniami architektonicznymi. Był to reprezentacyjny kościół państwa zakonnego w Prusach. Od XIV wieku do dnia dzisiejszego można go wyraźnie wyróżnić w zabudowie wschodniej ściany zamku. Efekt podkreślała 8 metrowa rzeźba Madonny z dzieciątkiem, patronki Zakonu (zniszczona w trakcie działań wojennych w 1945 roku i do dziś nie odbudowana). 

Bezpośrednio na północ od zamku konwentualnego umieszczono zabudowania Przedzamcza. Pełniło ono funkcje gospodarczo-magazynowe. Posiadało własny system fortyfikacji w postaci muru obwodowego, czterech narożnych wieżyczek, wieży bramnej i nawodnionej fosy. Wzniesiono dwa najwcześniejsze budynki, z których jeden zawierał zbrojownię. Obecnie na miejscu ówczesnego Przedzamcza znajduje się Zamek Średni. W pierwszej połowie XIV w. rozpoczęto, w miejscu pierwotnego Przedzamcza, budowę rezydencji Wielkich Mistrzów. W odróżnieniu od Zamku Wysokiego-Klasztoru, ta część, nazwana Zamkiem Średnim, została zaplanowana na stosunkowo dużej powierzchni. Ze względu na jej przeznaczenie odstąpiono od funkcji obronnych na rzecz funkcji gospodarczo-reprezentacyjnych. Różnicę w zabudowie widać zresztą do dnia dzisiejszego. Na Zamku Średnim powstała, w oparciu o istniejące budynki Przedzamcza, trójskrzydłowa zabudowa otwarta na Zamek Wysoki. Był to standardowy sposób budowania, ze względów strategicznych. Po ewentualnym zdobyciu Zamku Średniego atakujący byli w dalszym ciągu odsłonięciu przed obrońcami na Zamku wysokim. Obok wjazdu na Zamek Wysoki, przerabiając dawną zbrojownię, wybudowano dom mieszkalny dla Wielkiego Mistrza, z kaplicą św. Katarzyny. pod koniec XIV w pod kierunkiem Mikołaja Fellensteina, rozbudowano go do Pałacu Wielkiego Mistrza, podobnego do tego, jaki możemy oglądać dziś. Zaprojektowano sale reprezentacyjne: Letni i Zimowy Refektarz, Wysoką Sień. Powiększono też prywatne apartamenty Wielkiego Mistrza. Tak przebudowany Pałac ozdobiono od strony dziedzińca ozdobną elewacją. W przyziemiu znajdowała się kancelaria, archiwum i skryptorium. To właśnie w niej powstała w 1400 roku pierwsza mapa Prus Zachodnich. Rozpoczęły się również prace malarskie. Dziś możemy podziwiać szczątkową postać dawnych ornamentów i zdobionych sklepień, które wyróżniały Pałac Wielkiego Mistrza z całości zespołu zamkowego. Do Pałacu przylegało od północy skrzydło zachodnie, mieszczące Wielki Refektarz. Była to największa sala zamku, mająca wymiary 15x30 metrów. Odbywały się w niej wystawne uczy, w których udział brało ponad 400 osób. Bardziej kameralne przyjęcia odbywały się w pokojach Pałacu, zależnie od pory roku w Letnim lub Zimowym Refektarzu. Obie sale posiadały olbrzymie walory artystyczne, co w połączeniu z odpowiednio dobranym wyposażeniem dawało oszałamiający efekt. Zachowane do dziś zapiski z ksiąg rachunkowych pokazują, jak wystawne życie prowadził Wielki Mistrz Zakonu. Malbork nie ustępował w niczym innym ówczesnym stolicom europejskim. Odbywały się w tu turnieje, polowania, wystawne przyjęcia i inne wielkoświatowe atrakcje. Skrzydło wschodnie Zamku Średniego przeznaczone było dla gości Zakonu, którzy tłumnie przybywali, skuszeni wizją sławy w walce z poganami, za jakich Zakon uważał mieszkańców Prus. W skrzydle północnym umieszczono siedzibę wielkiego komtura, szpital zakonny (infirmerię) oraz wieżę bramną.

Największy człon malborskiej fortecy stanowiło Przedzamcze, zwane też Zamkiem Niskim. Powstało niemal równocześnie z Zamkiem Średnim, na obszernej terasie zalewowej Nogatu. Stanowiło zaplecze gospodarcze zakonu. Umieszczono na nim warsztaty, magazyny, zbrojownie, stajnie, obory, spichlerze, szpital i mieszkania

dla służby. Nie zabrakło również kościoła, pod wezwaniem św. Wawrzyńca, którego pozostałości możemy oglądać do dziś (wyznaczone miejsce po baszcie św. Wawrzyńca przed główną bramą wjazdową na Zamek Średni). Jak przystało na zabudowę militarną, Przedzamcze posiadało rozbudowany system murów obronnych z wkomponowanymi bramami wjazdowymi. Całość dodatkowo otaczał system fos. Bram wjazdowych do zamku w Malborku było kilka, ale wszystkie prowadziły po kolei przez Przedzamcze, Zamek Średni aż na Zamek Wysoki. Przykładowo, goście, wjeżdżając od zachodu (najbardziej odsłoniętej strony), mieli do przebycia 14 bram, 4 zwodzone mosty i 3 kratownice. Podobnie obwarowany był wjazd od strony wschodniej, przez zbudowaną w latach 1418-1420, Nową Bramę.

Obsadzenie takiej ilości umocnień wymagało silnego i zorganizowanego garnizonu. Nie zawsze było z tym najlepiej, czego przykładem niech będzie spektakularna ucieczka litewskiego księcia Kiejstuta z celi w samym serwu malborskiej fortecy, na Zamku Wysokim. Celę tą, zwaną "Witold" (było to pobożne życzenie Krzyżaków- Książę Witold nigdy tam nie trafił), możemy zwiedzać dziś po wejściu na Zamek Wysoki. Również poufne informacje wypływały z Malborka znacznie częściej niż mógłby sobie tego życzyć Wielki Mistrz. Przykładem ówczesnego tajnego agenta polskiego wywiadu był Stanisław z Bolemina - dworzanin Urlyka von Jungingena i jednocześnie członek Towarzystwa Jaszczurczego.